یکى از موضوعات مطرح شده در تاریخ تفسیر, بحث مراحل تکوین آن است . آنچه در زیر مى آید نظر محمدحسین ذهبى است در این باره که در کتاب تفسیر و مفسرون ایشان آمده است :
ایشان مراحل تکوین و تدوین تفسیر را پنج مرحله مى داند:
1- مرحلهء اول که صرفاً نقل روایت بوده و چنانکه گفتیم جدا از علم حدیث نبوده , اما هنوز تدوین نشده بوده است . در این مرحله روایات تفسیرى صحابه از قول پیامبر (ص ) و یا از قول یکدیگر نقل مى شد و تابعین نیز ازصحابه یا از یکدیگر نقل مى کرده اند. و رونق این مرحله حداکثر تا پایان قرن اول هجرى است .
2- مرحلهء دوم از ابتداى تدوین رسمى حدیث است (یعنى از آغاز قرن دوم ). با تدوین و تبویب احادیث ,تفسیر بابى از ابواب آنها بوده و هنوز قرآن به صورتى که بعدها سوره به سوره و آیه به آیه از آغاز تا انجام تفسیرمى شود, تفسیر نشده بوده است . شاید بتوان گفت این مرحله تا اواسط قرن سوم ادامه داشته است .
3- مرحلهء سوم مرحله اى است که تفسیر از حدیث جدا مى شود و علمى مستقل مى گردد و تفاسیر جامعى که به تمامى قرآن مى پردازد, تألیف مى شود. ابن ماجه (م 273ق ) و ابن جریر طبرى (م 310ق ) و ابوبکر بن منذر نیشابورى (م 318ق ) و ابن ابى حانم (م 327ق ) و ابواللیث نصربن محمد سمرقندى (م 375ق ) وعده اى دیگر این استقلال تفسیر را تحقق بخشیده اند.
4- مرحلهء چهارم از حدود تفسیر مأثور (تفسیرى که متکى بر اثر یا حدیث است ) فرا مى گذرد, و اگر هم حدیثى ذکر شود غالباً سلسلهء راویانش حذف مى شود مفسران , احادیث تفسیرى را بى آنکه به حدیث بودنش اشاره کنند, مانند اقوال عادى مفسران سلف مى گیرند; و بویژه اسرائیلیان و نصرانیات را با تفسیر مى آمیزد ودشواریهاى بسیارى بر مى انگیزد. و تشتت آراء و اختلاف اقوال در تفاسیر بالا مى گیرد, چنانچه فى المثل درتفسیر <مغضوب علیهم > و <الضالین > که طبق احادیثى صحیح که از خود پیامبر (ص ) و صحابه و تابعین نقل شده , مراد از آنها یهود و نصارى است , دهها قول مختلف و نامربوط نقل مى کنند.
5- مرحلهء پنجم گسترده ترین دورهء تاریخ تفسیر است که از عصر عباسى تا امروز ادامه دارد, و مشخصهء آن آمیزش تفسیر عقلى (= درایى ) به تفسیر نقلى (= روایى یا اثرى یا مأثور) است که خود انواع گوناگونى دارد. تنوع علوم و مذاهب و مشارب فکرى و فلسفى و عرفانى و کلامى و علمى به حوزهء تفسیر نیز کشانده مى شود وعالمان و ماهران هر فن از نظر گاه علم و فن خویش تفسیر مى نویسند چنانکه مثلاً نحویان بیشتر به مسائل نحو واعراب قرآن مى پردازند: از جمله : زجاح (ابراهیم بن السر, 241ـ 311قمرى ) در معانى القرآن یا واحدى (على بن احمد, م 468ق ) در تفسیر بسیط و یا ابوحیان نحوى (محمد بن یوسف , 654ـ 745قمرى ) در تفسیرالبحرالمحیط ; و صاحبان علوم عقلى , تفسیر را با نقد و نقل آراء حکمى و فلسفى مى انبارند چنانکه فخر رازى (محمد بن عمر, 544ـ 606قمرى ) در مفاتیح الغیب و فقها بیشتر به تقریر ادلهء فقهیه و رد بر مخالفان مذهب خویش مى پردازند همچون جصاص (احمد بن على , 305ـ 370قمرى ) د راحکام القرآن و قرطبى (محمد بن احمد, م 671قمرى ) در الجامع لاحکام القرآن که بیست مجلد است و ابن العربى (محمد بن عبدالله , 468ـ543قمرى ) در احکام القرآن .
نیز مفسرانى بوده اند که تفسیر تاریخ نگرانه و تاریخ نگارانه نوشته اند از جمله : ثعلبى (احمد بن محمد,متوفاى 427قمرى ) در الکشف و البیان فى تفسیر القرآن و خازن (على بن محمد, 678ـ 741قمرى ) در تفسیرلباب التأویل فى معانى التنزیل .
گاه نیز طرفداران مذهب کلامى و عرفانى خاص (البته به قول ذهبى اهل بدع ) تفاسیرشان را از آرا و اقوال کلامى یا عرفانى خویش آکنده اند نظیر زمخشرى (محمود بن عمر, 467ـ 538قمرى ) در کشاف و ابن العربى (محمد بن على , 570ـ 638قمرى ) که نباید با ابن العربى فقیه سابق الذکر صاحب احکام القرآن اشتباهش کرد)در تفسیر که منسوب به اوست و ابوعبدالرحمن سلمى (محمد بن حسین , 325ـ 412قمرى ) در حقائق التفسیر (التفسیر والمفسرون ذهبى , 140ـ 148.
(مراحل تکوین و تدوین تفسیر نزد شیعهء امامیه و از نظر آنان با آنچه ذهبى مى گوید, فرق دارد شادروان علامه طباطبایى مى نویسد که شیعه <براى اقوال صحابه و تابعین , مانند سایر مسلمین هیچگونه حجیتى قائل نیست ,مگر از راه روایت از پیغمبر اکرم (ص )... و به نص خبر متواتر ثقلین , قول عترت و اهل بیت را تالى قول پیغمبراکرم (ص ) و مانند آن حجت مى داند...> به نظر ایشان , مفسران شیعه به سه طبقهء بزرگ تقسیم مى شوند. 1طبقه اول : (بعضى از صحابهء پیامبر و) اصحاب ائمه , مانند رزاره و محمد بن مسلم (از فقهاى شیعه و از اصحاب امام پنجم و امام ششم ) و معروف و جریر (از اصحاب امام ششم ). 2 طبقه دوم : اهل نخستین تألیفات در حوزه شیعه و کسانى چون فرات بن ابراهیم و ابوحمزهء ثمالى و عیاشى , و على بن ابراهیم قمى و نعمانى , نظر به اینکه زمان دسترسى به ائمهء اهل بیت (ع ) طولانى بود و تقریباً سیصد سال ادامه داشت , طبعاً این دو طبقه ترتب زمانى نداشته و متداخل بودند 3 طبقهء سوم : طبقهء ارباب علوم مختلف اند مانند سید رضى (در حقائق التأویل )و سید مرتضى (در امالى که مجالس تفسیرى بسیارى دارد) و شیخ طوسى و شیخ طبرسى , (و ابوالفتوح رازى ),تا ملاصدرا و فیض کاشانى و سید هاشم بحرانى و حویزى تا برسید به معاصران (قرآن در اسلام ص 81ـ 85.
